Nintendo SwitchでmicroSDカードに保存できるデータは、ニンテンドーeショップからダウンロードしたソフトのデータと、撮影した画面写真や動画です。

ダウンロードしたソフトのデータを、パソコンなどで移動することはできません（移動しても認識されません）。
まとめたいmicroSDカードを本体に差し込んで、ニンテンドーeショップからダウンロードし直す必要があります。

画面写真や動画は、microSDカードの「￥Nintendo￥Album」フォルダに入っています。
パソコンなどでmicroSDカードの中のデータを開き、まとめてください。
フォルダ名やファイル名、フォルダの階層などを変更するとNintendo Switchでは認識できなくなりますのでご注意ください。